Из-за неправильной конфигурации серверных блоков Nginx может появляться предупреждение conflicting server name “mydomain.com” on 0.0.0.0:80, ignored.

Пример лога Nginx с предупреждением:

2020/10/12 07:03:22 [notice] 15705#15705: signal process started
2020/10/12 07:18:50 [warn] 15818#15818: conflicting server name "mydomain.com" on 0.0.0.0:80, ignored
2020/10/12 07:18:50 [warn] 15818#15818: conflicting server name "www.mydomain.com" on 0.0.0.0:80, ignored
2020/10/12 07:54:16 [notice] 16047#16047: signal process started

Чтобы убрать ошибку можно использовать команду grep и найти домен, который указан в логах, внутри папки /etc/nginx/sites-enabled:

grep -r mydomain.com /etc/nginx/sites-enabled

Если вы видите доменное имя в нескольких серверных блоках для порта 80, вам нужно будет удалить дубликат, а затем перезапустить Nginx.

Также может быть случай, когда Nginx подхватывает автоматически сохранённые конфиги с окончанием .save. Эти файлы следует удалить.